Conversion entre Open babel, Pybel et RDkit pour gérer les fichiers mol

RDkit, Open Babel et Pybel sont des bibliothèques indispensables pour faire de la chimio-informatique en Python.Toutes les bibliothèques peuvent effectuer des opérations moléculaires et la génération de descripteurs pour l'apprentissage automatique, mais certaines opérations ne peuvent être effectuées qu'avec ce package ou peuvent être implémentées plus facilement.

Fondamentalement, diverses opérations sont effectuées à partir de la conversion d'un composé en un objet mol.Bien entendu, l'objet mol créé dans chaque bibliothèque ne peut pas être lu par une autre bibliothèque, il doit donc être converti.

Convertir à partir de Open Babel contre Pybel

Il existe un module de conversion dédié de Mol d'Openbabel en mol de Pybel.

#Create openbabel format mol à partir de Smiles import openbabel obConversion.SetInFormat ("smi") obmol = openbabel.OBMol () obConversion.ReadString (obmol, "C1 = CC = CS1") obmol

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Convertissez Openbabel mol en pybel mol avec #Molucule () import pybel pybelmol = pybel.Molecule (obmol) pybelmol

Conversion d'Open Babel, Pybel vers RDkit

Sortez le mol d'Open Babel ou Pybel sous forme de fichier SDF, puis lisez-le avec RDkit.La route inverse se fait également via SDF.

depuis rdkit import Chem pybelmol.write ("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier ('outputfile.sdf') rdmol