Converti tra Open babel, Pybel e RDkit per gestire i file mol
RDkit, Open Babel e Pybel sono librerie indispensabili per fare chemoinformatica in Python.Tutte le librerie possono eseguire operazioni molecolari e generazione di descrittori per l'apprendimento automatico, ma alcune operazioni possono essere eseguite solo con quel pacchetto o possono essere implementate più facilmente.
Fondamentalmente vengono eseguite varie operazioni a partire dalla conversione di un composto in un oggetto mol.Ovviamente, l'oggetto mol creato in ogni libreria non può essere letto da un'altra libreria, quindi deve essere convertito.
Converti da Open Babel a Pybel
C'è un modulo di conversione dedicato da Mol di Openbabel a mol di Pybel.
#Crea formato openbabel mol da Smiles import openbabel obConversion.SetInFormat ("smi") obmol = openbabel.OBMol () obConversion.ReadString (obmol, "C1 = CC = CS1") obmol
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Converti Openbabel mol in pybel mol con #Molucule () import pybel pybelmol = pybel.Molecule (obmol) pybelmol
Conversione da Open Babel, Pybel a RDkit
Produci mol di Open Babel o Pybel come file SDF, quindi leggilo con RDkit.Anche il percorso inverso è tramite SDF.
da rdkit import Chem pybelmol.write ("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier ('outputfile.sdf') rdmol