ブログ運営

ここ2日間ほどWorsPressが「データベース接続確立エラー (Error establishing a database connection)」となってしまい、アクセスできない状況でした。検索から訪問・閲覧しようとされたから方にはご迷惑をお掛け致しました、申し訳ありません。WordPressの復旧にあたり、ココナラでプロの方に依頼しました。WordPressのトラブルで困っている方の参考にな ...

プログラミング, 科学

Pythonでケモインフォマティクスをやる際に必須のライブラリ群として、RDkit・Open Babel・Pybelがあります。どのライブラリも基本的に化合物をmol objectに変換するのを起点として各種操作を行います。あるライブライラリで作成したmol objectは別のでは読み込めないので、変換する必要があります。

プログラミング

フリーで公開されている化合物データセットで、化学構造に基づいた化合物空間(ケミカルスペース)の可視化をしてみます。フィンガープリント(MorganとRDkit)を算出し、PCAまたはUMAPで2次元空間にプロットできるようにします。プロットはクラスタリング結果と物性値でラベルします。

プログラミング

Ubuntuでdockerを利用するときに、sudoなしdockerを実行できるようにする方法に関するメモ。 きっかけ dockerをインストールした後、そのままsudoコマンドなしで動作確認するとエラーが出てしまいました。 # Ubuntuの端末から実行 docker run hello-world docker: Got permission denied while trying to co ...

プログラミング, 科学

量子化学計算ソフト・プログラムで有名&圧倒的シェアがあるのはGaussianと思いますが、軽く数百万円します。より安価なものでも数十万円〜という世界。自分のような素人が興味本位で始めるには敷居が高すぎます。フリーで量子化学計算、特にDFT(密度汎関数理論)計算をできるパッケージを調べたのでメモしておきます。

機械学習, 科学

後々練習用で使えそうな機械学習やケモインフォマティクスのデータセットをリストアップしておく。

ブログ運営

機械翻訳の技術が発達し、ブログやサイトを多言語化する方法は豊富にあります。どれを使えばわからなかったので、よく使われているプラグインとwebサービスについて調べ、それぞれの特徴をまとめました。サイト多言語化にどの方法がイイか悩んでいる方の参考になりましたら幸いです。

Genesis framework, ブログ運営

Genesis Frameworkにおいて、ナビゲーションメニューは基本的にヘッダー直下(プライマリーナビゲーション)と フッター(セカンダリーナビゲーション)の2ヶ所に設置されています。このうちフッターに表示されているメニューをヘッダー右上に表示する方法を紹介します。