ブログ運営

WordPressをいじっていてエラー・不具合が出た時にどうしても直らない場合は、「バックアップからの復旧」か「専門業者に依頼」しましょう。

プログラミング

古いバージョンDockerを入れていてDocker CEに更新したい場合、今入れているDocker CEを再インストールする場合のアンインストール方法です。古いバージョンのDockerとは 、Docker、 Docker-engine、Docker.ioのこと。現行版はDocker-CE。

ブログ運営

ドメイン変更にあたり、これまでのSEO評価を引き継げるようGoogle search consoleのアドレス変更ツールを使用。リダイレクト処理は正常なのに「ホームページからの 301 リダイレクト」でエラーが…。新しいサイトのインデックス登録が完了していなかったのが原因でした。

ブログ運営

ここ2日間ほどWorsPressが「データベース接続確立エラー (Error establishing a database connection)」となってしまい、アクセスできない状況でした。検索から訪問・閲覧しようとされたから方にはご迷惑をお掛け致しました、申し訳ありません。WordPressの復旧にあたり、プロの方にお任せすることにしました。WordPressのトラブルで困っている方の参考に ...

プログラミング,科学

Pythonでケモインフォマティクスをやる際に必須のライブラリ群として、RDkit・Open Babel・Pybelがあります。どのライブラリも基本的に化合物をmol objectに変換するのを起点として各種操作を行います。あるライブライラリで作成したmol objectは別のでは読み込めないので、変換する必要があります。

プログラミング

フリーで公開されている化合物データセットで、化学構造に基づいた化合物空間(ケミカルスペース)の可視化をしてみます。フィンガープリント(MorganとRDkit)を算出し、PCAまたはUMAPで2次元空間にプロットできるようにします。プロットはクラスタリング結果と物性値でラベルします。

プログラミング

Ubuntuでdockerを利用するときに、sudoなしdockerを実行できるようにする方法に関するメモ。 きっかけ dockerをインストールした後、そのままsudoコマンドなしで動作確認するとエラーが出てしまいました。 # Ubuntuの端末から実行 docker run hello-world docker: Got permission denied while trying to co ...

プログラミング,科学

量子化学計算ソフト・プログラムで有名&圧倒的シェアがあるのはGaussianと思いますが、軽く数百万円します。より安価なものでも数十万円〜という世界。自分のような素人が興味本位で始めるには敷居が高すぎます。フリーで量子化学計算、特にDFT(密度汎関数理論)計算をできるパッケージを調べたのでメモしておきます。