Uncategorized, プログラミング, 機械学習

Jupyter Labは、Jupyter notebookの後継となるデータサイエンス向けの統合開発環境(IDE)です。Jupyter Labのインターフェースを、機械学習や科学計算をやり始めたプログラミング初学者にとっても扱いやすいように(RstudioやSpyderっぽく)設定したいと思います。

プログラミング, 科学

Pythonでケモインフォマティクスをやる際に必須のライブラリ群として、RDkit・Open Babel・Pybelがあります。どのライブラリも基本的に化合物をmol objectに変換するのを起点として各種操作を行います。あるライブライラリで作成したmol objectは別のでは読み込めないので、変換する必要があります。

プログラミング

フリーで公開されている化合物データセットで、化学構造に基づいた化合物空間(ケミカルスペース)の可視化をしてみます。フィンガープリント(MorganとRDkit)を算出し、PCAまたはUMAPで2次元空間にプロットできるようにします。プロットはクラスタリング結果と物性値でラベルします。

プログラミング

総務省のオンライン講座「社会人のためのデータサイエンス演習」を受け終わったので、講義の概要と感想をまとめてみます。本格的にデータ解析を始めようと思うとやはりpythonやRで柔軟にデータ分析したいということでプログラミング学習を兼ねてpythonで演習問題を解いてみました。

プログラミング

jupyter notebook起動時に kernel errorが表示され、実行しても 「FileNotFoundError: 指定されたファイルが見つかりません。」とエラーコードがでる場合の対処法。参照先に実行ファイル(python.exe)がないことが原因。

プログラミング

pandasで csvファイル 形式のデータセットを読み込もうとしたら、さっそく「UnicodeDecodeError: ‘utf-8’ codec can’t decode byte 0x91 in position 1: invalid start byte」というエラーに遭遇したので、その原因と解決策をメモしておきます。

エラー内容

csv ...

プログラミング

はじめに

WindowsのOSに入れたAnacondaやMinicondaをする方法は2つあります。

方法1:コントロールパネルから削除
方法2:Anaconda-Cleanを利用して完全に削除

方法1の特徴インストールしていたフォルダ上に、いくつかのファイルが残る
(後から手動でも削除可能。)
Anacondaが起動しなくてもアンインストールできる。 ...

プログラミング

pipで新しくパッケージを入れたら、conda環境が壊れてしまったようです。本記事ではその発端と原因究明・確認方法、解決策を記録しておきます。

この事故は起きた時の環境は以下の通りです。OSはwindows 10。

conda version : 4.6.8conda-build version : not installedpython version : 3.7.2.f ...