Danh sách thứ nguyên của các mô tả phân tử
một mô tả phân tử là gì?
Một giá trị số đại diện cho các đặc tính của một phân tử dựa trên cấu trúc hóa học của nó.Các loại bộ mô tả được phân loại thành các kích thước 0-4 theo không gian ghép được xem xét khi tính toán các bộ mô tả.
Danh sách các mô tả theo số thứ nguyên
| số kích thước | bộ mô tả | Ví dụ cụ thể |
| 0D | bộ mô tả cấu hình bộ mô tả đếm |
khối lượng phân tử, số liên kết Số nguyên tử C, H, O, N, v.v. |
| 1D | số mảnh vỡ Dấu vân tay |
Số đếm và sự hiện diện/vắng mặt (0 hoặc 1) của một cấu trúc con cụ thể -CH3, -OH, -NH2, -COOH -CH2-, -CH2-CH2-…v.v. |
| 2D | bộ mô tả topo (Chỉ số tô pô, Chỉ số kết nối) |
Chỉ số Balaban J, chỉ số Zagreb, chỉ số Wiener, Chỉ số kết nối Chi, chỉ số hình dạng kappa, BCUT |
| 3D | mô tả hình học (Mô tả hình học) |
Bộ mô tả 3D-MoRSE bộ mô tả WHIM Mô tả GETAWAY Mô tả hóa học lượng tử mô tả kích thước, không gian, bề mặt và thể tích, v.v. |
| 4D | năng lượng tương tác | Tọa độ 3D + lấy mẫu hình dạng. Lưới, CoMFA, Volsurf |
hình ảnh trong 0-3 chiều
Hình ảnh dưới đây là tự giải thích.Các slide từ Chemometrics và Nhóm nghiên cứu QSAR, Đại học Strasbourg, Pháp.
Nguồn:http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf
bộ mô tả 0 chiều
Bộ mô tả phân tử 0D còn được gọi là bộ mô tả hiến pháp hoặc bộ mô tả số lượng.
Bắt đầu từ khối lượng phân tử, số nguyên tử trong phân tử (C, H, O, N, halogen, số vòng, tổng số nguyên tử nặng, v.v.), số liên kết quay, số 2 (hoặc 3) liên kết đôi, v.v. Các giá trị như giá trị thu được từ công thức phân tử được đề cập.
bộ mô tả 1 chiều
Một nhóm mô tả đếm các nhóm chức năng và cấu trúc bộ phận cụ thể (= số mảnh) và biểu thị sự hiện diện hoặc vắng mặt của chúng bằng 0 và 1 (= Dấu vân tay).
Các nhóm chức năng mục tiêu và cấu trúc từng phần bao gồm cacbon bậc một, bậc hai và bậc ba, cacbon cuối và cacbon bên trong, nhóm hydroxyl, nhóm amin, nhóm amit, nhóm imino, axit cacboxylic, thiol, vòng benzen và vòng thơm.
Các giá trị thuộc tính vật lý như số nguyên tử cho và nhận liên kết hydro và các LogP khác nhau (AlogP, ClogP, SlogP, XlogP, v.v.) cũng được đưa vào bộ mô tả một chiều.
bộ mô tả 2 chiều
Bộ mô tả hai chiều bao gồm bộ mô tả tô pô.Nó còn được gọi là chỉ số topo hoặc chỉ số kết nối.Giáo sư danh dự Haruo Hosoya của Đại học Ochanomizu được biết đến là nhà phát minh.
Một hợp chất mô tả tô pô là một giá trị được tính là bất biến đối với đồ thị phân tử bằng cách coi hợp chất là một cấu trúc đồ thị.
Ví dụ:
Chỉ số Wiener: tổng khoảng cách ngắn nhất giữa các nguyên tử trong phân tử
Topological polar surface area (TPSA): Diện tích phần cực của bề mặt phân tử. Một giá trị thu được bằng cách xấp xỉ PSA, đòi hỏi cấu trúc ba chiều, ở tốc độ cao.
Phép tính gần đúng của thông tin 2D từ thông tin 3D, chẳng hạn như TPSA, còn được gọi là bộ mô tả 2.5D và một số bộ mô tả 3D cũng áp dụng cho điều này.
bộ mô tả 3 chiều
Bộ mô tả 3D là một giá trị được tính toán dựa trên cấu trúc 3D của hợp chất. Các cấu trúc 3D chính xác được yêu cầu để tính toán các bộ mô tả XNUMXD.
Các giá trị được tính toán từ các phép tính hóa học lượng tử (mức năng lượng HOMO/LUMO, v.v.) hoặc đồ thị phân tử được tính trọng số theo đặc điểm của từng nguyên tử trên tọa độ ba chiều của x, y và z và ma trận phân tử tương ứng Eigenvalues tính toán từ được sử dụng.
bộ mô tả 4 chiều
Các mô tả được xác định thông qua tương tác với các hợp chất khác, chẳng hạn như năng lượng tương tác. Nó có thể được lấy từ Grid, CoMFA, phương pháp Volsurf, v.v.
Phân loại thứ nguyên của mô tả
この記述子の次元は英語版wikiで0-4次元では0-3次元、RDkitやPaDEL‐descriptorでは1＆2と3次元に分類されており、分類の仕方も様々です（Grid, CoMFA, Volsurfを3次元としているところもありました）。出典やソフトにより違いがありますが、運用上はSMILESからも計算できる0-2次元以内の記述子と立体構造情報が必要な3次元以上に大別して考えればよいのではないかと思います。
Tham khảo
・wiki tiếng Anh https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_descriptor
・Chủ đề khoa học trực tiếp https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/molecular-descriptor
·http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf