哪个是最好的免费量子化学计算软件程序?
我认为高斯在量子化学计算软件程序中占有着举足轻重的份额,但是它的价格却只有几百万日元。这个世界上甚至更便宜的手机起价为数十万日元。对于像我这样的业余爱好者来说,这个门槛太高了,无法从兴趣开始。
我研究了一个免费的软件程序,该程序可以执行量子化学计算,尤其是DFT(密度泛函理论)计算。
量子化学计算软件/程序列表
在维基百科软件清单如果您调查一下,就会发现有很多免费的。另外,虽然它有些旧,但在下一页上,“推荐软件代替高斯还有一个问题。其中,我将总结一下我对免费开源软件感兴趣的内容。
GAMESS,萤火虫
与下面的四个GUI软件不同。
GAMESS(US)和Firefly有什么区别?解释很容易理解。
量子咖啡
QUANTUM ESPRESSO是一个开放源代码的集成软件包,用于电子结构计算和纳米级材料设计。基于密度泛函理论,平面波近似模型和伪势模型的计算是可能的。此外,可以计算基态计算,结构优化,过渡态和最小能量路径,从头算分子动力学,反应特性,光学特性,量子跃迁等。
京都大学化学研究所超级计算机系统
正式文件是由东北大学的实验室(研究生院)创建的。日语教程也有。
无论它是否是最有影响力的免费程序,它都经常在学术论文中使用,并且在功能和速度方面都可以与商业软件相媲美。在固体材料领域,例如优化晶体结构方面具有很强的实力。内部语言为fortan,并且可以与GPU(CUDA)并行化。
西北化工
一个有效处理大规模计算化学问题的程序。看来它可以并行化到数千个处理器的级别。内部是用fortan编写的,并且可以与GPU(CUDA)并行化。利用其大规模并行计算的优势,它在模拟过渡态和大规模分子方面具有优势。
压力4
该代码易于阅读,因为您可以从python接口执行计算,这对于刚开始编程的python用户来说非常有用。需要计算速度的部分用C ++编写,但是没有GPU加速。
反而插件“ OpenFermion(Google)”可桥接量子化学计算,以便可以在量子计算机上执行可以配合它与量子计算框架“ Qiskit(IBM)”一起使用去做。 (据说量子化学计算和组合优化问题得益于量子计算机更快的速度。)
哪个更快
志愿者在Github上进行了量子化学速度测试。
根据4年前的结果,由于执行环境,是否存在并行使用,内部BLAS等因素,它可能与当前的结果不同,但是计算速度为NWchem> Firefly > GAMESS> Psi4 ...
每个量子化学计算程序的参考文献和引文数量
我检查了每个程序的文档数量。匹配次数可能不正确,因此请参考它。 高斯有03、09、16等各种版本,因此实际上还有更多版本。
高斯16 | psi4 | 西北化工 | 量子浓缩咖啡 | |
Google学术搜索 | 4,580 | 16,100 | 6,840 | 17,400 |
原始文件的引用次数(出版年份) | 1,798 | 609(2012),296(2017) | 795(2000),2921(2010) | 13,288(2009),639(2017) |
在比较了上面的各种内容之后,我认为要使用的软件的最高优先级条件应该是“是否可以进行所需的计算”。从有机化合物到蛋白质和固体材料,量子化学计算涵盖了广泛的领域,并且每种理论都不同(对于中低分子量有机化合物,B3LYP / 6-31G(d)级)。似乎只要软件经过计算,任何软件都可以做到。)
讨论
引用和引用列表
[…] DFT 计算似乎比 Firefly 和 GAMESS 更快(哪个免费的量子化学计算软件更好?”– In-sil…)。[…]
[...] 似乎有很多免费软件。此外,您可以做什么取决于软件。根据各种研究,Gaussian 常用于付费,而 MOPAC6,7 和 GAMESS (US) 常用于免费。FireFly、NWChem、ABINIT 也是非常受欢迎的免费软件。 CP2K是免费的,不过好像插入就可以涵盖各种计算,所以想用一段时间。 QUANTUM ESPRESSO (QE) 是免费的,但它的名声似乎很好。在进行单独的物理计算时我应该使用它吗?QE 强烈推荐这个论坛。一些网站比较了计算速度。这么多 w 很难迷失方向 目前,我将使用本文中的免费版本。 […]
[...] 似乎有很多免费软件。此外,您可以做什么取决于软件。根据各种研究,Gaussian 常用于付费,而 MOPAC6,7 和 GAMESS (US) 常用于免费。FireFly、NWChem、ABINIT 也是非常受欢迎的免费软件。 CP2K是免费的,不过好像插入就可以涵盖各种计算,所以想用一段时间。 QUANTUM ESPRESSO (QE) 是免费的,但它的名声似乎很好。在进行单独的物理计算时我应该使用它吗?QE 强烈推荐这个论坛。一些网站比较了计算速度。这么多 w 很难迷失方向 目前,我将使用本文中的免费版本。 […]