Konversikan antara Open babel, Pybel, dan RDkit sehingga file mol dapat ditangani
RDkit, Open Babel, dan Pybel adalah pustaka penting untuk melakukan chemoinformatics dengan Python.Semua perpustakaan dapat melakukan hal-hal seperti manipulasi molekuler dan pembuatan deskriptor untuk pembelajaran mesin, tetapi ada beberapa operasi yang hanya dapat dilakukan dalam paket tersebut atau lebih mudah diterapkan.
Pada dasarnya, berbagai operasi dilakukan mulai dari mengubah suatu senyawa menjadi objek mol.Tentu saja, objek mol yang dibuat di setiap perpustakaan tidak dapat dibaca di perpustakaan lain, sehingga perlu dikonversi.
Mengubah Open Babel menjadi Pybel
Ada modul konversi khusus dari Openbabel mol ke Pybel mol.
# Membuat mol format Openbabel dari Smiles import openbabel obConversion.SetInFormat("smi") obmol = openbabel.OBMol() obConversion.ReadString(obmol, "C1=CC=CS1") obmol
>
# Ubah Openbabel mol menjadi pybel mol dengan Molucule() import pybel pybelmol = pybel.Molecule(obmol) pybelmol
Mengubah Open Babel, Pybel ke RDkit
Setelah mengeluarkan Open Babel atau Pybel mol sebagai file SDF, bacalah dengan RDkit.Jalur sebaliknya juga melalui SDF.
dari rdkit import Chem pybelmol.write("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier('outputfile.sdf') rdmol