قم بالتحويل بين Open babel و Pybel و RDkit للتعامل مع ملفات mol
RDkit و Open Babel و Pybel مكتبات لا غنى عنها للقيام بالمعلوماتية الكيميائية في Python.يمكن لجميع المكتبات إجراء عمليات جزيئية وإنشاء واصف للتعلم الآلي ، ولكن هناك بعض العمليات التي لا يمكن إجراؤها إلا بهذه الحزمة أو يمكن تنفيذها بسهولة أكبر.
في الأساس ، يتم إجراء عمليات مختلفة بدءًا من تحويل المركب إلى كائن مول.بالطبع ، لا يمكن قراءة كائن mol الذي تم إنشاؤه في كل مكتبة بواسطة مكتبة أخرى ، لذلك يجب تحويله.
تحويل من Open Babel إلى Pybel
هناك وحدة تحويل مخصصة من Mol of Openbabel إلى مول Pybel.
#Create openbabel format mol من Smiles استيراد openbabel obConversion.SetInFormat ("smi") obmol = openbabel.OBMol () obConversion.ReadString (obmol، "C1 = CC = CS1") obmol
>
تحويل مول Openbabel إلى pybel mol باستخدام #Molucule () استيراد pybel pybelmol = pybel.Molecule (obmol) pybelmol
التحويل من Open Babel و Pybel إلى RDkit
إخراج مول من Open Babel أو Pybel كملف SDF ، ثم قم بقراءته باستخدام RDkit.الطريق العكسي أيضًا عبر قوات سوريا الديمقراطية.
من استيراد rdkit Chem pybelmol.write ("sdf"، "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier ('outputfile.sdf') rdmol