Konvertieren Sie zwischen Open Babel, Pybel und RDkit, um Mol-Dateien zu verarbeiten
RDkit, Open Babel und Pybel sind unverzichtbare Bibliotheken für die Chemoinformatik in Python.Alle Bibliotheken können molekulare Operationen und die Generierung von Deskriptoren für maschinelles Lernen ausführen. Es gibt jedoch einige Operationen, die nur mit diesem Paket ausgeführt oder einfacher implementiert werden können.
Grundsätzlich werden verschiedene Operationen ausgeführt, beginnend mit der Umwandlung einer Verbindung in ein Mol-Objekt.Natürlich kann das in jeder Bibliothek erstellte mol-Objekt nicht von einer anderen Bibliothek gelesen werden, daher muss es konvertiert werden.
Konvertiere von Open Babel zu Pybel
Es gibt ein spezielles Konvertierungsmodul von Mol of Openbabel zu Mol of Pybel.
#Create openbabel format mol aus Smiles importiere openbabel obConversion.SetInFormat ("smi") obmol = openbabel.OBMol () obConversion.ReadString (obmol, "C1 = CC = CS1") obmol
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Konvertieren Sie Openbabel mol in Pybel mol mit #Molucule () import pybel pybelmol = pybel.Molecule (obmol) pybelmol
Umstellung von Open Babel, Pybel auf RDkit
Geben Sie mol von Open Babel oder Pybel als SDF-Datei aus und lesen Sie es dann mit RDkit.Die umgekehrte Route führt ebenfalls über SDF.
aus rdkit importieren Chem pybelmol.write ("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier ('outputfile.sdf') rdmol