Convierta entre Open babel, Pybel y RDkit para manejar archivos mol
RDkit, Open Babel y Pybel son bibliotecas indispensables para realizar quimioinformática en Python.Todas las bibliotecas pueden realizar operaciones moleculares y generación de descriptores para el aprendizaje automático, pero hay algunas operaciones que solo pueden realizarse con ese paquete o pueden implementarse más fácilmente.
Básicamente, se realizan varias operaciones a partir de convertir un compuesto en un objeto mol.Por supuesto, el objeto mol creado en cada biblioteca no puede ser leído por otra biblioteca, por lo que debe convertirse.
Convertir de Open Babel a Pybel
Hay un módulo de conversión dedicado de Mol de Openbabel a mol de Pybel.
#Crear formato openbabel mol desde Smiles import openbabel obConversion.SetInFormat ("smi") obmol = openbabel.OBMol () obConversion.ReadString (obmol, "C1 = CC = CS1") obmol
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Convierta Openbabel mol en pybel mol con #Molucule () import pybel pybelmol = pybel.Molecule (obmol) pybelmol
Conversión de Open Babel, Pybel a RDkit
Genere mol de Open Babel o Pybel como un archivo SDF y luego léalo con RDkit.La ruta inversa también es a través de SDF.
de rdkit import Chem pybelmol.write ("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier ('outputfile.sdf') rdmol