आणविक विवरणकों की आयामी सूची

2019 1 年 月 日 5

आणविक वर्णनकर्ता क्या है?

रासायनिक संरचना के आधार पर अणु की विशेषताओं का प्रतिनिधित्व करने वाला एक संख्यात्मक मान।डिस्क्रिप्टर की गणना करते समय विचार किए गए यौगिक स्थान के अनुसार डिस्क्रिप्टर के प्रकार को 0-4 आयामों में वर्गीकृत किया जाता है।

आयामों की संख्या के अनुसार वर्णनकर्ताओं की सूची

आयामों की संख्या वर्णनकर्ता ठोस उदाहरण
0D कॉन्फ़िगरेशन डिस्क्रिप्टर
गणना वर्णनकर्ता
आणविक भार, बांड की संख्या
C, H, O, N, आदि के परमाणुओं की संख्या।
1D टुकड़ों की संख्या
उंगलियों के निशान
एक विशिष्ट उपसंरचना की संख्या और उपस्थिति/अनुपस्थिति (0 या 1) की गणना करें
-सीएच3, -ओएच, -एनएच2, -कूह
-CH2-, -CH2-CH2-… आदि।
2D टोपोलॉजिकल डिस्क्रिप्टर
(टोपोलॉजिकल इंडेक्स, कनेक्टिविटी इंडेक्स)
बलबन जे इंडेक्स, ज़गरेब इंडेक्स, वीनर इंडेक्स,
ची कनेक्टिविटी इंडेक्स, कप्पा शेप इंडेक्स,
बीसीयूटी
3D ज्यामिति वर्णनकर्ता
(ज्यामितीय वर्णनकर्ता)
3D-MoRSE वर्णनकर्ता
WHIM वर्णनकर्ता
गेटवे डिस्क्रिप्टर
क्वांटम-रासायनिक वर्णनकर्ता
आकार, steric, सतह और आयतन वर्णनकर्ता, आदि।
4D अंतःक्रियात्मक ऊर्जा 3डी निर्देशांक + गठनात्मक नमूनाकरण।
ग्रिड, CoMFA, Volsurf

0-3 आयामों में छवि

नीचे दी गई छवि स्व-व्याख्यात्मक है।केमोमेट्रिक्स और क्यूएसएआर रिसर्च ग्रुप, स्ट्रासबर्ग विश्वविद्यालय, फ्रांस से स्लाइड।

स्रोत:http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf

0-आयामी वर्णनकर्ता

0D आणविक विवरणकों को संवैधानिक वर्णनकर्ता या गणना वर्णनकर्ता भी कहा जाता है।

आणविक भार से शुरू होकर, अणु में परमाणुओं की संख्या (C, H, O, N, हलोजन, छल्लों की संख्या, भारी परमाणुओं की कुल संख्या, आदि), घूमने योग्य बंधों की संख्या, 2 की संख्या (अथवा 3) द्विबंध आदि। आण्विक सूत्र से प्राप्त मानों का उल्लेख किया गया है।

1-आयामी वर्णनकर्ता

एक डिस्क्रिप्टर समूह जो विशिष्ट कार्यात्मक समूहों और आंशिक संरचनाओं (= टुकड़ों की संख्या) की गणना करता है और 0 और 1 (= फ़िंगरप्रिंट) के साथ उनकी उपस्थिति या अनुपस्थिति को व्यक्त करता है।
लक्ष्य कार्यात्मक समूहों और आंशिक संरचनाओं में प्राथमिक, द्वितीयक और तृतीयक कार्बन, टर्मिनल और आंतरिक कार्बन, हाइड्रॉक्सिल समूह, अमीनो समूह, एमाइड समूह, इमिनो समूह, कार्बोक्जिलिक एसिड, थिओल्स, बेंजीन रिंग और एरोमैटिक रिंग शामिल हैं।

भौतिक संपत्ति मान जैसे हाइड्रोजन बांड दाता और स्वीकर्ता परमाणुओं की संख्या और विभिन्न लॉगपी (AlogP, ClogP, SlogP, XlogP, आदि) भी एक आयामी विवरणक में शामिल हैं।

2-आयामी वर्णनकर्ता

द्वि-आयामी डिस्क्रिप्टर में टोपोलॉजिकल डिस्क्रिप्टर शामिल हैं।इसे टोपोलॉजिकल इंडेक्स या कनेक्टिविटी इंडेक्स भी कहा जाता है।Ochanomizu विश्वविद्यालय के प्रोफेसर एमेरिटस हारुओ होसोया को आविष्कारक के रूप में जाना जाता है।

एक टोपोलॉजिकल डिस्क्रिप्टर कंपाउंड एक मान है जिसे कंपाउंड को ग्राफ संरचना के रूप में मानकर आणविक ग्राफ के लिए एक अपरिवर्तनीय के रूप में गणना की जाती है।

उदाहरण:
वीनर इंडेक्स: एक अणु में परमाणुओं के बीच कम से कम दूरी का योग
सामयिक ध्रुवीय सतह क्षेत्र (TPSA): आणविक सतह के ध्रुवीय भाग का क्षेत्र। पीएसए का अनुमान लगाकर प्राप्त मूल्य, जिसके लिए उच्च गति पर त्रि-आयामी संरचना की आवश्यकता होती है।

2डी जानकारी से 3डी सूचना का सन्निकटन, जैसे टीपीएसए, को 2.5डी डिस्क्रिप्टर भी कहा जाता है, और कुछ 3डी डिस्क्रिप्टर भी इस पर लागू होते हैं।

3-आयामी वर्णनकर्ता

एक 3D डिस्क्रिप्टर एक कंपाउंड की 3D संरचना के आधार पर गणना की जाने वाली वैल्यू है। 3D डिस्क्रिप्टर की गणना करने के लिए सटीक XNUMXD संरचनाओं की आवश्यकता होती है।

क्वांटम रासायनिक गणना (HOMO/LUMO ऊर्जा स्तर, आदि) या आणविक रेखांकन से गणना किए गए मान जो प्रत्येक परमाणु की विशेषताओं के अनुसार x, y, और z के त्रि-आयामी निर्देशांक और इसी आणविक आव्यूहों पर भारित होते हैं। से गणना की जाती है।

4-आयामी वर्णनकर्ता

डिस्क्रिप्टर अन्य यौगिकों के साथ बातचीत के माध्यम से परिभाषित होते हैं, जैसे कि अंतःक्रियात्मक ऊर्जा। इसे ग्रिड, CoMFA, Volsurf विधि आदि से प्राप्त किया जा सकता है।

वर्णनकर्ताओं का आयामी वर्गीकरण

この記述子の次元は英語版wikiで0-4次元では0-3次元、RDkitやPaDEL‐descriptorでは1&2と3次元に分類されており、分類の仕方も様々です(Grid, CoMFA, Volsurfを3次元としているところもありました)。出典やソフトにより違いがありますが、運用上はSMILESからも計算できる0-2次元以内の記述子と立体構造情報が必要な3次元以上に大別して考えればよいのではないかと思います。

संदर्भ
· अंग्रेजी विकी https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_descriptor
· विज्ञान प्रत्यक्ष विषय  https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/molecular-descriptor
·http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf