ओपन बेबेल, पाइबेल और आरडीकिट के बीच कनवर्ट करें ताकि मोल फाइलों को हैंडल किया जा सके

2019 10 年 月 日 26

आरडीकिट, ओपन बेबेल और पाइबेल पायथन में कीमोइन्फॉर्मेटिक्स करने के लिए आवश्यक पुस्तकालय हैं।सभी पुस्तकालय मशीन लर्निंग के लिए आणविक हेरफेर और डिस्क्रिप्टर जनरेशन जैसे काम कर सकते हैं, लेकिन कुछ ऑपरेशन ऐसे हैं जो केवल उस पैकेज में किए जा सकते हैं या लागू करने में आसान हैं।

मूल रूप से, एक कंपाउंड को मोल ऑब्जेक्ट में बदलने से शुरू होने वाले विभिन्न ऑपरेशन किए जाते हैं।बेशक, प्रत्येक पुस्तकालय में बनाई गई मोल वस्तुओं को दूसरे पुस्तकालय में नहीं पढ़ा जा सकता है, इसलिए उन्हें परिवर्तित करने की आवश्यकता है।

ओपन बेबेल को पाइबेल में बदलना

Openbabel mol से Pybel mol में एक समर्पित रूपांतरण मॉड्यूल है।

# स्माइल इम्पोर्ट से ओपनबेबेल फॉर्मेट एमओएल बनाएं ओपनबेबेल ओबनवर्जन। सेटइनफॉर्मैट ("एसएमआई") ओब्मोल = ओपनबेबेल।

>

# Openbabel mol को Molucule के साथ Pybel mol में बदलें () आयात pybel pybelmol = pybel.Molecule(obmol) pybelmol

ओपन बेबेल, पायबेल को आरडीकिट में परिवर्तित करना

Open Babel या Pybel mol को SDF फ़ाइल के रूप में आउटपुट करने के बाद, इसे RDkit से पढ़ें।रिवर्स रास्ता भी एसडीएफ के माध्यम से होता है।

rdkit से Chem pybelmol.write("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDmolSupplier('outputfile.sdf') rdmol आयात करें