Daftar dimensi deskriptor molekuler
Apa itu deskriptor molekuler?
Nilai numerik yang mewakili karakteristik molekul berdasarkan struktur kimianya.Jenis deskriptor diklasifikasikan ke dalam 0-4 dimensi sesuai dengan ruang majemuk yang dipertimbangkan saat menghitung deskriptor.
Daftar deskriptor berdasarkan jumlah dimensi
| jumlah dimensi | deskriptor | Contoh konkrit |
| 0D | deskriptor konfigurasi deskriptor hitungan |
berat molekul, jumlah ikatan Jumlah atom C, H, O, N, dll. |
| 1D | jumlah fragmen Sidik jari |
Hitung jumlah dan ada/tidak adanya (0 atau 1) dari substruktur tertentu -CH3, -OH, -NH2, -COOH -CH2-, -CH2-CH2-… dll. |
| 2D | deskriptor topologi (Indeks topologi, indeks Konektivitas) |
Indeks Balaban J, indeks Zagreb, indeks Wiener, Indeks konektivitas Chi, indeks bentuk kappa, BCUT |
| 3D | deskriptor geometri (Deskriptor geometris) |
deskriptor 3D-MoRSE deskriptor WHIM deskriptor GETAWAY Deskriptor kuantum-kimia deskriptor ukuran, sterik, permukaan dan volume, dll. |
| 4D | energi interaksi | Koordinat 3D + pengambilan sampel konformasi. Grid, CoMFA, Volsurf |
gambar dalam 0-3 dimensi
Gambar di bawah ini cukup jelas.Slide dari Chemometrics and QSAR Research Group, University of Strasbourg, Perancis.
Sumber:http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf
deskriptor 0 dimensi
Deskriptor molekuler 0D juga disebut deskriptor konstitusional atau deskriptor hitungan.
Dimulai dengan berat molekul, jumlah atom dalam molekul (C, H, O, N, halogen, jumlah cincin, jumlah total atom berat, dll), jumlah ikatan yang dapat diputar, jumlah 2 (atau 3) ikatan rangkap, dll. Nilai-nilai seperti yang diperoleh dari rumus molekul disebutkan.
deskriptor 1 dimensi
Grup deskriptor yang menghitung grup fungsional tertentu dan struktur parsial (= jumlah fragmen) dan menyatakan ada atau tidaknya dengan 0 dan 1 (= Sidik Jari).
Gugus fungsi target dan struktur parsial meliputi karbon primer, sekunder, dan tersier, karbon terminal dan internal, gugus hidroksil, gugus amino, gugus amida, gugus imino, asam karboksilat, tiol, cincin benzena, dan cincin aromatik.
Nilai properti fisik seperti jumlah atom donor dan akseptor ikatan hidrogen dan berbagai LogP (AlogP, ClogP, SlogP, XlogP, dll.) Juga termasuk dalam deskriptor satu dimensi.
deskriptor 2 dimensi
Deskriptor dua dimensi termasuk deskriptor topologi.Ini juga disebut indeks topologi atau indeks konektivitas.Profesor Emeritus Haruo Hosoya dari Universitas Ochanomizu dikenal sebagai penemunya.
Senyawa deskriptor topologi adalah nilai yang dihitung sebagai invarian pada grafik molekuler dengan memperlakukan senyawa tersebut sebagai struktur grafik.
Contoh:
Indeks Wiener: jumlah jarak terpendek antara atom dalam molekul
Area permukaan kutub topologi (TPSA): Area bagian kutub dari permukaan molekul. Nilai yang diperoleh dengan mendekati PSA, yang membutuhkan struktur tiga dimensi, dengan kecepatan tinggi.
Perkiraan informasi 2D dari informasi 3D, seperti TPSA, juga disebut deskriptor 2.5D, dan beberapa deskriptor 3D juga berlaku untuk ini.
deskriptor 3 dimensi
Deskriptor 3D adalah nilai yang dihitung berdasarkan struktur 3D suatu senyawa. Struktur 3D yang akurat diperlukan untuk menghitung deskriptor XNUMXD.
Nilai dihitung dari perhitungan kimia kuantum (tingkat energi HOMO/LUMO, dll.), atau grafik molekuler yang diberi bobot sesuai dengan karakteristik masing-masing atom pada koordinat tiga dimensi x, y, dan z, dan matriks molekul yang sesuai Nilai eigen dihitung dari digunakan.
deskriptor 4 dimensi
Deskriptor didefinisikan melalui interaksi dengan senyawa lain, seperti energi interaksi. Itu dapat diperoleh dari Grid, CoMFA, metode Volsurf, dll.
Klasifikasi dimensi deskriptor
この記述子の次元は英語版wikiで0-4次元では0-3次元、RDkitやPaDEL‐descriptorでは1＆2と3次元に分類されており、分類の仕方も様々です（Grid, CoMFA, Volsurfを3次元としているところもありました）。出典やソフトにより違いがありますが、運用上はSMILESからも計算できる0-2次元以内の記述子と立体構造情報が必要な3次元以上に大別して考えればよいのではないかと思います。
referensi
・Wiki bahasa Inggris https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_descriptor
・Topik Langsung Sains https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/molecular-descriptor
·http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf