แปลงระหว่าง Open babel, Pybel และ RDkit เพื่อให้สามารถจัดการไฟล์ mol ได้

2019 10 年月日 26

RDkit, Open Babel และ Pybel เป็นไลบรารีที่จำเป็นสำหรับการทำเคมีสารสนเทศใน Pythonไลบรารีทั้งหมดสามารถทำสิ่งต่างๆ เช่น การจัดการโมเลกุลและการสร้างตัวอธิบายสำหรับแมชชีนเลิร์นนิง แต่มีการดำเนินการบางอย่างที่ทำได้เฉพาะในแพ็คเกจนั้นหรือนำไปใช้ได้ง่ายกว่า

โดยพื้นฐานแล้ว การดำเนินการต่างๆ จะดำเนินการตั้งแต่การแปลงสารประกอบเป็นวัตถุโมลแน่นอนว่า mol Object ที่สร้างขึ้นในแต่ละ Library ไม่สามารถอ่านใน Library อื่นได้ ดังนั้นจึงจำเป็นต้องแปลง

การแปลง Open Babel เป็น Pybel

มีโมดูลการแปลงเฉพาะจาก Openbabel mol เป็น Pybel mol

# สร้างรูปแบบ Openbabel mol จาก Smiles นำเข้า openbabel obConversion.SetInFormat("smi") obmol = openbabel.OBMol() obConversion.ReadString(obmol, "C1=CC=CS1") obmol

>

# แปลง Openbabel mol เป็น pybel mol ด้วย Molucule() import pybel pybelmol = pybel.Molecule(obmol) pybelmol

การแปลง Open Babel, Pybel เป็น RDkit

หลังจากส่งออก Open Babel หรือ Pybel mol เป็นไฟล์ SDF แล้ว ให้อ่านด้วย RDkitเส้นทางย้อนกลับก็ผ่านไอ้เวร

จาก rdkit นำเข้า Chem pybelmol.write("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier('outputfile.sdf') rdmol