قائمة أبعاد الواصفات الجزيئية
ما هو الواصف الجزيئي؟
قيمة عددية تعبر عن خصائص الجزيء بناءً على تركيبته الكيميائية.يتم تقسيم نوع الواصف إلى أبعاد من 0 إلى 4 اعتمادًا على المساحة المركبة التي يتم أخذها في الاعتبار عند حساب الواصف.
قائمة الواصف برقم البعد
| عدد الأبعاد | واصف | مثال ملموس |
| 0D | واصف التكوين واصف العد |
الوزن الجزيئي ، عدد الروابط العدد الذري لـ C ، H ، O ، N ، إلخ. |
| 1D | عدد الأجزاء بصمات الأصابع |
عدد العد ووجود / عدم وجود بنية أساسية محددة (0 أو 1) -CH3 ، -أوه ، -NH2 ، -COOH -CH2- ، -CH2-CH2- ... إلخ. |
| 2D | الواصف الطوبولوجي (مؤشر طوبولوجي ، مؤشر الاتصال) |
مؤشر Balaban J ، مؤشر زغرب ، مؤشر Wiener ، مؤشر اتصال تشي ، مؤشر شكل كابا ، بكوت |
| 3D | واصف الهندسة (واصف هندسي) |
واصفات 3D-MoRSE واصفات WHIM واصفات GETAWAY الواصفات الكيميائية الكمية واصفات الحجم والقصدير والسطح والحجم ، إلخ |
| 4D | طاقة التفاعل | أخذ عينات من الإحداثيات ثلاثية الأبعاد + التشكل. الشبكة ، CoMFA ، Volsurf |
صورة بأبعاد 0-3
الصورة التالية سهلة الفهم.هذه شريحة من المختبر (Chemometrics and QSAR Research Group) التابع لجامعة ستراسبورغ ، فرنسا.
المصدر:http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf
واصف 0D
تسمى الواصفات الجزيئية 0D أيضًا الواصفات الدستورية وواصفات العدد.
بما في ذلك الوزن الجزيئي ، وعدد ذرات معينة في الجزيء (C ، H ، O ، N ، الهالوجين ، عدد الحلقات ، العدد الإجمالي للذرات الثقيلة ، إلخ) ، عدد الروابط القابلة للدوران ، عدد 2 (أو 3) روابط مزدوجة ، إلخ. يمكن الحصول على القيم من الصيغة الجزيئية.
واصف 1D
مجموعة من الواصفات التي تحسب مجموعات وظيفية وتركيبات فرعية محددة (= عدد الأجزاء) وتعبر عن وجودها أو غيابها بمقدار 0 و 1 (= بصمة).
تشمل المجموعات الوظيفية المستهدفة والهياكل الجزئية الكربونات الأولية والثانوية والثالثية ، والكربون النهائي والداخلي ، ومجموعات الهيدروكسي ، والمجموعات الأمينية ، ومجموعات الأميد ، ومجموعات الإيمينو ، والأحماض الكربوكسيلية ، والثيول ، وحلقات البنزين ، والحلقات العطرية ، إلخ.
يتم أيضًا تضمين عدد المتبرعين برابطة الهيدروجين والذرات المستقبلة وقيم الخصائص الفيزيائية مثل العديد من LogPs (AlogP و ClogP و SlogP و XlogP وما إلى ذلك) في الواصف أحادي البعد.
واصف 2D
يتضمن الواصف ثنائي الأبعاد واصفًا طوبولوجيًا.ويسمى أيضًا بالفهرس الطوبولوجي أو فهرس الاتصال.يُعرف البروفيسور هارو هوسويا ، الأستاذ الفخري بجامعة أوتشانوميزو ، بالمخترع.
مركب الواصف الطوبولوجي هو قيمة محسوبة على أنها ثابتة لمركب كهيكل رسم بياني ومخططه الجزيئي.
على سبيل المثال:
مؤشر وينر: مجموع أقصر المسافات بين ذرات معينة في الجزيء
المساحة السطحية القطبية الطوبولوجية (TPSA): مساحة الجزء القطبي من السطح الجزيئي. حساب تقريبي عالي السرعة لـ PSA يتطلب بنية ثلاثية الأبعاد.
يُطلق أيضًا على الحساب التقريبي للمعلومات ثلاثية الأبعاد من المعلومات ثنائية الأبعاد مثل TPSA اسم واصف 2D ، وينطبق أيضًا جزء من واصف ثلاثي الأبعاد على هذا.
واصف 3D
الواصف ثلاثي الأبعاد هو قيمة محسوبة على أساس الهيكل ثلاثي الأبعاد للمركب. مطلوب بنية ثلاثية الأبعاد دقيقة لحساب الواصف ثلاثي الأبعاد.
يتم وضع رسم بياني جزيئي يزن القيم المحسوبة من حسابات كيمياء الكم (مستويات طاقة HOMO / LUMO ، وما إلى ذلك) والإحداثيات ثلاثية الأبعاد لـ x و y و z وفقًا لخصائص كل ذرة ، ويتم وضع القيمة المقابلة المصفوفة الجزيئية: يتم استخدام القيم الذاتية المحسوبة من.
واصف 4D
واصف يتم تعريفه من خلال التفاعل مع مركبات أخرى ، مثل طاقة التفاعل. يتم الحصول عليها من طريقة Grid و CoMFA و Volsurf ، إلخ.
التصنيف البعدي للواصفات
この記述子の次元は英語版wikiで0-4次元では0-3次元、RDkitやPaDEL‐descriptorでは1＆2と3次元に分類されており、分類の仕方も様々です（Grid, CoMFA, Volsurfを3次元としているところもありました）。出典やソフトにより違いがありますが、運用上はSMILESからも計算できる0-2次元以内の記述子と立体構造情報が必要な3次元以上に大別して考えればよいのではないかと思います。
إشارة
・ ويكي إنجليزي https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_descriptor
・ ScienceDirect موضوع https://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/molecular-descriptor
·http://infochim.u-strasbg.fr/CS3/program/material/Todeschini.pdf