Converta entre Open babel, Pybel e RDkit para lidar com arquivos mol
RDkit, Open Babel e Pybel são bibliotecas indispensáveis para fazer quimioinformática em Python.Todas as bibliotecas podem realizar operações moleculares e geração de descritores para aprendizado de máquina, mas existem algumas operações que só podem ser feitas com esse pacote ou podem ser implementadas com mais facilidade.
Basicamente, várias operações são realizadas a partir da conversão de um composto em um objeto mol.Obviamente, o objeto mol criado em cada biblioteca não pode ser lido por outra biblioteca, portanto, ele precisa ser convertido.
Converter de Open Babel em Pybel
Há um módulo de conversão dedicado de Mol of Openbabel para mol of Pybel.
#Create openbabel format mol from Smiles import openbabel obConversion.SetInFormat ("smi") obmol = openbabel.OBMol () obConversion.ReadString (obmol, "C1 = CC = CS1") obmol
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Converter Openbabel mol em pybel mol com #Molucule () import pybel pybelmol = pybel.Molecule (obmol) pybelmol
Conversão de Open Babel, Pybel para RDkit
Produza mol do Open Babel ou Pybel como um arquivo SDF e, em seguida, leia com o RDkit.A rota reversa também é via SDF.
from rdkit import Chem pybelmol.write ("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier ('outputfile.sdf') rdmol