プログラミング

フリーで公開されている化合物データセットで、化学構造に基づいた化合物空間(ケミカルスペース)の可視化をしてみます。フィンガープリント(MorganとRDkit)を算出し、PCAまたはUMAPで2次元空間にプロットできるようにします。プロットはクラスタリング結果と物性値でラベルします。

プログラミング, 機械学習

Rにおけるニューラルネットワーク可視化パッケージ

neuralnet関数は標準でplot()関数によりで計算グラフを可視化できる。neuralnet関数のような機能のない他のニューラルネットワークパッケージを使用した時の計算グラフの可視化方法を以下にメモ。

plot.nn関数
plotnet関数
下準備

サンプルデータはirisを使用

学習器の作成d=irisd$S ...