プログラミング, 科学

Pythonでケモインフォマティクスをやる際に必須のライブラリ群として、RDkit・Open Babel・Pybelがあります。どのライブラリも基本的に化合物をmol objectに変換するのを起点として各種操作を行います。あるライブライラリで作成したmol objectは別のでは読み込めないので、変換する必要があります。

プログラミング, 科学

量子化学計算ソフト・プログラムで有名&圧倒的シェアがあるのはGaussianと思いますが、軽く数百万円します。より安価なものでも数十万円〜という世界。自分のような素人が興味本位で始めるには敷居が高すぎます。フリーで量子化学計算、特にDFT(密度汎関数理論)計算をできるパッケージを調べたのでメモしておきます。

機械学習, 科学

後々練習用で使えそうな機械学習やケモインフォマティクスのデータセットをリストアップしておく。

プログラミング, 機械学習, 科学

PythonでDataFrame中の時系列・スペクトルデータを間引きたい時の方法です。

「pandas.DataFrame.resample」だと引数でD(日次)、W(週次)などの時間設定をしないといけません。日時の列がない時系列データやスペクトルデータの間引きたい時は以下の方法が使えます。

時系列・スペクトルデータとは

時系列・スペクトルデータとは、ある軸に沿って一定 ...

科学

論文メモ

HPLC-UV-MS分析において、UV検出器から出る紫外線がサンプルを酸化させてしまい、artifactとしてMSスペクトル上に検出されるという報告。

対象文献

HPLC–UV–MS Analysis: A Source for Severe Oxidation Artifacts
著者 (所属機関):Fritz Schweikart and Gustaf Hult ...

科学

薬物動態・薬物代謝研究のin-vitro試験で汎用される肝組織由来成分について、それぞれの特徴や違いに関したメモを記します。

hepatocyte(へパトサイト、肝細胞)

肝臓を破砕し均一にした懸濁液(肝ホモジネート、肝遊離細胞)から、肝細胞を単離したもの。

肝細胞がそのままの状態で保持されているため、比較的in-vivoに近い。S9やミクロソーム画分では進行しにくいよ ...

機械学習, 科学

1つの化合物に対してCAS番号(CAS No.)やIUPAC Nameを入力するとSMILESを出力してくれるサイトは多数ありますが、たくさんのリストになっている場合を1つ1つ入力して変換するのは不可能です。この記事では数千コ単位で含まれる化合物表記のリストをSMILESかInChI Keyに一括変換する方法を紹介します。

ChemCellとは

ChemCellは、Microsof ...