Uncategorized, プログラミング, 機械学習

Jupyter Labは、Jupyter notebookの後継となるデータサイエンス向けの統合開発環境(IDE)です。Jupyter Labのインターフェースを、機械学習や科学計算をやり始めたプログラミング初学者にとっても扱いやすいように(RstudioやSpyderっぽく)設定したいと思います。

プログラミング

DockerのMinicondaイメージを使用して、機械学習・データサイエンス用の環境を構築します。Dockerのインストールから、コンテナへのpythonパッケージのインストール、Jupyter notebookを開くまでの手順をまとめました。

プログラミング

Dockerはバージョン19.03からネイティブで「Nvidia GPUによるコンテナのアクセラレーション」がサポートされました。この機能はNVIDIA Container Toolkitを使うことでを利用できるようになります。ここではUbuntuで必要な初期設定を行います。

プログラミング

古いバージョンDockerを入れていてDocker CEに更新したい場合、今入れているDocker CEを再インストールする場合のアンインストール方法です。古いバージョンのDockerとは 、Docker、 Docker-engine、Docker.ioのこと。現行版はDocker-CE。

プログラミング, 科学

Pythonでケモインフォマティクスをやる際に必須のライブラリ群として、RDkit・Open Babel・Pybelがあります。どのライブラリも基本的に化合物をmol objectに変換するのを起点として各種操作を行います。あるライブライラリで作成したmol objectは別のでは読み込めないので、変換する必要があります。

プログラミング

フリーで公開されている化合物データセットで、化学構造に基づいた化合物空間(ケミカルスペース)の可視化をしてみます。フィンガープリント(MorganとRDkit)を算出し、PCAまたはUMAPで2次元空間にプロットできるようにします。プロットはクラスタリング結果と物性値でラベルします。

プログラミング

Ubuntuでdockerを利用するときに、sudoなしdockerを実行できるようにする方法に関するメモ。

きっかけ

dockerをインストールした後、そのままsudoコマンドなしで動作確認するとエラーが出てしまいました。

# Ubuntuの端末から実行docker run hello-world

docker: Got permission denied while ...

プログラミング, 科学

量子化学計算ソフト・プログラムで有名&圧倒的シェアがあるのはGaussianと思いますが、軽く数百万円します。より安価なものでも数十万円〜という世界。自分のような素人が興味本位で始めるには敷居が高すぎます。フリーで量子化学計算、特にDFT(密度汎関数理論)計算をできるパッケージを調べたのでメモしておきます。