ここ2日間ほどWorsPressが「データベース接続確立エラー (Error establishing a d […]
Open babel, Pybel, RDkit間でmolファイルを扱えるように相互変換する
Pythonでケモインフォマティクスをやる際に必須のライブラリ群として、RDkit・Open Babel・Pybelがあります。どのライブラリも基本的に化合物をmol objectに変換するのを起点として各種操作を行います。あるライブライラリで作成したmol objectは別のでは読み込めないので、変換する必要があります。
Fingeprintの次元削減によって化合物空間を可視化する
フリーで公開されている化合物データセットで、化学構造に基づいた化合物空間（ケミカルスペース）の可視化をしてみます。フィンガープリント（MorganとRDkit）を算出し、PCAまたはUMAPで2次元空間にプロットできるようにします。プロットはクラスタリング結果と物性値でラベルします。
【Ubuntu】dockerをsudoコマンドなしで実行するための設定と注意点
Ubuntuでdockerを利用するときに、sudoなしdockerを実行できるようにする方法に関するメモ。 […]
無料の量子化学計算ソフト・プログラムはどれがいいのか
量子化学計算ソフト・プログラムで有名＆圧倒的シェアがあるのはGaussianと思いますが、軽く数百万円します。より安価なものでも数十万円〜という世界。自分のような素人が興味本位で始めるには敷居が高すぎます。フリーで量子化学計算、特にDFT（密度汎関数理論）計算をできるパッケージを調べたのでメモしておきます。
化合物のデータセット一覧
後々練習用で使えそうな機械学習やケモインフォマティクスのデータセットをリストアップしておく。
