プログラミング, 機械学習, 科学

機械学習/QSARモデル作成の前段階として、例えば化学構造と活性のリストからなる化合物データについて、その中身を俯瞰的に解析することはモデルの選択や理解のために重要です。今回は、目的変数と関連のある特徴を見出すためのデータサイエンス手法として、化合物データセットの探索的データ解析を行ってみる。

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RDKitで化合物データセットのSMILESから、分子記述子(descriptor)およびフィンガープリント(fingerprint)と含むデータフレームを作成する方法です。QSAR/機械学習モデルを自作しようにも、分子記述子やフィンガープリントの作成で結構つまづいたので以下にまとめます。

PC・ガジェット

ノートパソコンも充電できる、軽くて持ち運びに便利なモバイルバッテリーについて、重さ/サイズ(500g以下) 、バッテリー容量(10,000 mAh以上)、メーカー、USB Power Delivery対応、モバイルバッテリーの出力形式に焦点を当てて紹介します。

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Jupyter Labは、Jupyter notebookの後継となるデータサイエンス向けの統合開発環境(IDE)です。Jupyter Labのインターフェースを、機械学習や科学計算をやり始めたプログラミング初学者にとっても扱いやすいように(RstudioやSpyderっぽく)設定したいと思います。

プログラミング

DockerのMinicondaイメージを使用して、機械学習・データサイエンス用の環境を構築します。Dockerのインストールから、コンテナへのpythonパッケージのインストール、Jupyter notebookを開くまでの手順をまとめました。

プログラミング

Dockerはバージョン19.03からネイティブで「Nvidia GPUによるコンテナのアクセラレーション」がサポートされました。この機能はNVIDIA Container Toolkitを使うことでを利用できるようになります。ここではUbuntuで必要な初期設定を行います。

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プログラミング

古いバージョンDockerを入れていてDocker CEに更新したい場合、今入れているDocker CEを再インストールする場合のアンインストール方法です。古いバージョンのDockerとは 、Docker、 Docker-engine、Docker.ioのこと。現行版はDocker-CE。