機械学習

分子記述子（molecular descriptor）とは その分子の特徴を化学構造に基づいて、数値として表わした値。記述子計算の際に考慮する化合物空間よって、記述子のタイプは0-4次元に区別される。 次元数別の記述子一覧 次元数 記述子 具体例 0D 構造記述子 カウント記述子 分子量、結合数 C,H,O,N等の原子数 1D フラグメント数 Fingerprints 特定の部分構造のカウント数や ...

Uncategorized, ブログ運営

Luxeritasが無料の国産Wordpressテーマで最強に感じた 現在WordPressテーマにルクセリタス（Luxeritas）を使用しております。 これまでに無料テーマは３回ほど変更し、ルクセリタスに落ち着きました。 作者の公式ページでもいろいろ特徴が紹介されていますが、自分が使っていたり調べたりして「これは…」と思ったオススメポイントと弱点をまとめてみます。 WordPressで無料のい ...

科学

薬物動態・薬物代謝研究のin-vitro試験で汎用される肝組織由来成分について、それぞれの特徴や違いに関したメモを記します。 hepatocyte（へパトサイト、肝細胞） 肝臓を破砕し均一にした懸濁液（肝ホモジネート、肝遊離細胞）から、肝細胞を単離したもの。 肝細胞がそのままの状態で保持されているため、比較的in-vivoに近い。S9やミクロソーム画分では進行しにくいような抱合反応の再現性もよい。 ...

ブログ運営

WordPressでブログを開設して運営を始めるまでに、たくさんの設定や登録作業が発生します。僕が実際にブログ開設後2週間くらいまでにした流れを、備忘録を兼ねてまとめます。代表的な選択肢や注意事項も含めて要点を大まかに説明しますので、これからブログを始める人に「ブログを書き始めるまではどんな流れなのか」「どんなサイト・サービスを登録しておくべきか、選ぶべきか」参考になればと思います。 ブログの作成 ...

機械学習, 科学

1つの化合物に対してCAS番号(CAS No.)やIUPAC Nameを入力するとSMILESを出力してくれるサイトは多数ありますが、たくさんのリストになっている場合を１つ１つ入力して変換するのは不可能です。この記事では数千コ単位で含まれる化合物表記のリストをSMILESかInChI Keyに一括変換する方法を紹介します。 ChemCellとは ChemCellは、Microsoft Excelで ...

プログラミング, 機械学習

pandasにおける欠損値 実験系のデータセットなどでは、空欄がNA, N.A.（Not analyzed）やND, N.D.（Not detected）で補完されていることがあります。pandasでは、NAやNDはただの文字列（object）として認識されているため、そのままの状態ではdropna()、fillna()、isnull()関数を用いた欠損値に対する一括処理をすることができません。 ...

プログラミング

jupyter notebookを起動しようとすると以下のような500 : Internal Server Errorがでました。 自分の場合はnbconvertが原因でした。anaconda promptからアップデートすることで解決しました。 conda update nbconvert webで調べてみると、ほかにも同様に以下のコマンドをanaconda promptから入力して解決していた ...

ブログ運営

シンプルで高速なブログ向けのWordPressテーマを探していました。国産テーマでも無料で高速な素晴らしいテーマがありましたが、なんとなくデザインがしっくりこない。かといって、有料テーマで「いいなぁ」と思ったものは平気で1万円超えたりしてブログを始めたばかりの初心者としては敷居が高かった…。 GeneratePressはWordPressのテーマを紹介するサイトで時々ランクインしているのを見かけま ...