Преобразование между Open babel, Pybel и RDkit для обработки файлов mol
RDkit, Open Babel и Pybel - незаменимые библиотеки для выполнения химиоинформатики в Python.Все библиотеки могут выполнять молекулярные операции и генерацию дескрипторов для машинного обучения, но есть некоторые операции, которые могут быть выполнены только с этим пакетом или могут быть реализованы более легко.
В основном, выполняются различные операции, начиная с преобразования соединения в объект mol.Конечно, объект mol, созданный в каждой библиотеке, не может быть прочитан другой библиотекой, поэтому его необходимо преобразовать.
Преобразование из Open Babel в Pybel
Существует специальный модуль преобразования из Mol of Openbabel в mol of Pybel.
# Создать формат openbabel mol из Smiles import openbabel obConversion.SetInFormat ("smi") obmol = openbabel.OBMol () obConversion.ReadString (obmol, "C1 = CC = CS1") obmol
>
Преобразуйте моль Openbabel в моль pybel с помощью #Molucule () import pybel pybelmol = pybel.Molecule (obmol) pybelmol
Преобразование Open Babel, Pybel в RDkit
Выведите mol из Open Babel или Pybel в виде файла SDF, а затем прочтите его с помощью RDkit.Обратный маршрут также проходит через SDF.
from rdkit import Chem pybelmol.write ("sdf", "outputfile.sdf") rdmol = Chem.SDMolSupplier ('outputfile.sdf') rdmol